共聚焦图像做最大投影，论文怎样交代原始层面信息？

最大投影把深度压成一张图

共聚焦显微镜的Z轴堆栈包含不同焦平面的图像。最大强度投影在每个平面位置取各层最亮像素，适合让分布在不同深度的信号同图可见；但投影后的亮点不再保留原来的深度位置，两个在不同层的结构可能看起来重叠。投稿图注不能把最大投影当成一张单层原图，更不能凭投影图直接断言两个分子在同一空间位置共定位。读者需要知道这个平面图是怎样从原始层面产生的。

写出堆栈的采集范围

方法段应给出显微镜及物镜、像素尺寸、Z层间距、总层数或覆盖厚度、每通道采集方式和主要成像设置。若只选堆栈中的一段做投影，说明起止层和选择依据；不同组若投影层数不同，最亮像素出现的机会也会不同。比较荧光强度时，采集增益、激光功率和曝光相关设置应尽可能一致，无法一致则交代如何校正。显微成像报告建议强调采集元数据，因为一个漂亮的投影图不足以支持定量复现。

图注要说：投影图拿来展示还是算数值

图件可以给最大投影用于展示细胞整体形态，但定量可能在单层、全堆栈或三维分割上完成。三种分析的分母和含义不同，要写在图注中。比如颗粒计数若在最大投影上进行，深度上相互遮挡的颗粒可能合成一个；若按每层计数，同一颗粒又可能在相邻层重复出现。论文应解释算法如何避免这些误差。比例尺、通道颜色和调整后的亮度也应标明，让读者知道屏幕上看到的是哪一版图像。

共定位需要看原始层面

最大投影中红绿两色重叠，并不能单独证明它们在同一Z层相遇。若共定位是核心结论，应检查对应单层、正交切面或三维对象关系，写明阈值、背景扣除和随机重叠的处理。若仅用于示意，可把语气限制为“投影图上信号位置接近”，别写成已经证实分子相互作用。原始层面中的模糊、饱和和散射也可能影响判断，应以可追溯数据作分析基础。

保留读者能复查的资料

保存原始堆栈、投影方法、软件版本与参数，并让图版编号指向对应文件。若多张图并排比较，说明是否对所有组使用同样的投影规则；不能只为一组挑较亮的层段。补充图可展示代表性单层或正交切面，让读者看到投影没有掩盖关键反证。最大投影是一种有用的展示工具，前提是深度信息丢失这件事被如实说明，定量结论也与实际使用的数据层级相符。

参考信息：荧光显微方法报告建议与图像分析报告清单。