冷冻电镜投稿前，主密度图与半图要怎样对应？

冷冻电镜单颗粒分析得到一张用于展示的三维密度图，往往还会留下两张独立重建的半图。投稿前要把这三类文件的来历和坐标关系说明白：主密度图是论文展示和解释结构所用的图，半图则让读者检查重建结果及分辨率评估。把“主图分成两半”来理解半图会弄错顺序；半图来自分开的两组颗粒数据，各自完成三维重建，不是对最终主图随意裁切。两张半图的相关性还用于估计整体分辨率。

先辨认提交的是什么图

打开重建项目的输出目录，按处理步骤找到最终选用的主图、参与分辨率估计的两张半图，以及用于展示或拟合的其他处理版本。文件名相似并不够，最好从处理记录确认它们来自同一批颗粒、同一轮重建。若论文图中展示的是锐化后的地图，方法部分就要写清处理方式；不要把处理过的展示图冒充未经处理的半图。

EMDB的规则要求每条记录有一张主图。对单颗粒分析、亚断层平均和螺旋重建，在软件产生半图的情况下还要求提供半图。半图应保留三维精修后的原始输出，不在这一步再单独施加遮罩或过滤。作者可以另交遮罩和其他地图，但要把它们标成相应类别。这样，读者看到的展示版本和用于验证的输入不会混成一份文件。

检查坐标，而不只是看文件能否打开

两张半图的体素大小、维度、原点、起始位置和网格参数需要一致。主图与半图还应能在同一坐标系中叠合；若主图曾裁切或补边，检查是否已作正确的原点平移。软件能分别打开两张图，不等于它们已经对齐。有些显示方式会把文件各自居中，视觉上相似，却没检查真实坐标。把文件叠加查看，并核对头信息，才能发现这类偏移。

假设研究者为投稿导出一张较小的主图框，以便图像清晰，却直接上传原范围的两张半图。若没有处理原点和网格对应，验证程序可能无法把密度或原子模型放在正确位置。此时应追溯导出操作，保存可复核的变换关系，而不是通过手工挪动截图来掩盖错位。EMDB还要求相关地图的空间方向一致；若有一张被镜像翻转，改文件名无法让它与其他图重合。

稿件与存档信息如何互相对照

方法段可以依次交代样品、采集、颗粒挑选与精修、最后选用哪张地图；图注指出展示地图是否经过锐化或局部处理。存档时把主图、半图和可选遮罩归入正确的文件类别，再核对地图与模型是否重合。若用半图计算FSC曲线，曲线所对应的图和计算口径也应能在稿件与存档信息中找到。

正式上传前，打开一遍实际选中的文件，而非只看本机工作目录。确认它们与论文的结构图、方法描述和标识相符，尤其留意团队共享目录中的“final”“final2”版本。即使两张半图支持一个整体分辨率数值，也不能推断原子模型的每个局部都同样可靠；局部密度和模型验证还需单独查看。

参考信息：EMDB《Policies》及《General Deposition Guide》；wwPDB《EM validation report user guide》。