冷冻电镜原始图像与三维地图，分别存到哪里？

冷冻电镜投稿时，作者常把“原始数据已经存档”写成一句话，却只给出三维地图编号。三维重建结果与原始二维图像解决的问题不同：EMDB保存三维密度图及其重建元数据，EMPIAR主要保存支撑这些图的原始二维图像；其政策还列有部分不归EMDB收录的三维成像数据，不能把两库简单理解为“二维库”和“三维库”。读者要复查最终地图，先看EMDB；要追溯图像采集和处理输入，则需要找到相应原始数据。

从处理流程反推文件归属

先在团队的处理目录画出最短路线：显微镜采集的电影或微图，经运动校正、颗粒挑选、分类与重建，得到三维地图。三维地图、半图、可能的遮罩和相关元数据属于EMDB记录所围绕的内容。原始电影、微图或颗粒图像堆栈属于EMPIAR可接收的图像数据。两处都叫“图”，处理阶段却不同。上传了三维地图，并不意味着原始电影也已存档。

EMPIAR的政策建议尽量提交完整原始数据，并把每组图像放在单独目录。实际准备时，可按采集批次和图像类型整理，保留原始文件名与处理项目中的对应关系。若只选少数微图上传，读者无法判断它们是否代表全部输入；若文件名在导出时被统一改写，也需要留下可以追溯的映射。图像数据体积很大，上传前应核对EMPIAR接受的格式和当前指引，并保留清楚的文件组织，而非随意拆包。

在稿件中把两个存档号说清

方法段描述采集和重建流程，数据可用性声明分别写三维地图及原始图像的存档位置和可用标识。若某项原始图像尚未提交，不能用EMDB编号代替EMPIAR存档。已经提交但尚未公开的记录，应按实际状态与期刊要求写，不把“已获编号”误写成“公开可下载”。EMPIAR和EMDB的记录之间若有交叉引用，还要核对编号是否指向同一实验和同一版本。

假设一项研究进行了两次采集，第一次数据用于探索参数，第二次数据构成最终重建。论文只报告“采集了两批”，存档却仅有第二批电影。此时读者无法从一句话判断第一批是否参与最终模型，也无法知道未存档是否会影响复现。作者应在方法里说明每批数据的作用，在原始数据目录中保留批次划分，并在数据可用性声明中准确写出实际开放的范围，而不是把所有采集都笼统写成“见EMPIAR”。

检查公开条件

EMPIAR政策说明其公开数据以CC0许可提供。若图像包含第三方权利、敏感信息或团队尚未确认可公开的内容，先核对许可与伦理条件，不要为了满足投稿而直接上传。EMDB和EMPIAR的具体收录范围、文件要求与发布时间安排也可能变化，投稿前用当前官方指引核对。投稿前，把论文中的地图编号、原始图像编号、采集批次和实际存档记录逐项对上，读者才知道该从哪一层开始复核。

参考信息：EMDB《Policies》；EMPIAR《Policies and Processing Procedures》。