The EMBO Journal的数据可用性段，代码和数据为何要分开列

一篇多组学论文在Data availability里只写“数据和代码可向通讯作者索取”，但正文包含三套测序矩阵、一个分析脚本仓库和多处公开数据库再分析。The EMBO Journal投稿指南要求在Methods之后以结构化方式列出本研究产生的数据集和计算机代码。读者需要知道每类成果存放在哪里、属于哪个版本、能否访问，以及它如何对应论文结果；单句“可索取”难承载这些信息。

先按产生方式建清单

列出原始测序数据、处理矩阵、图表背后的汇总数据与自写代码，标注由本研究生成还是从公共库取得。生成的数据通常应有仓库、访问号或稳定标识；受限人类数据则说明申请主体、审核条件和可公开的元数据。公开数据库的旧数据应给出准确版本与引用，不要当作自己新产生的资源。若论文使用的代码包含非公开依赖，说明限制，不能只发布一个空仓库页面。

代码要能匹配论文分析：保存用于发表图表的提交版本、运行入口、主要依赖和输入文件说明。持续更新的仓库若没有标签或存档，读者半年后看到的可能已是另一套算法；数据集也会发布新版本，访问号应锁定可对应结果的版本。对于审稿期间暂不能公开的数据，可按期刊允许的方式提供受控审阅入口；正式公开的时点、记录号与论文接受节点要另行确认。若数据库需要登录，给编辑的私密审阅凭据与未来读者的公开访问方式是两件事；不能在正文发布临时账号。对代码仓库，审稿时使用的分支与最终归档版本应有明确对应；修改漏洞或错误后，说明是否影响正文的数值和图。若团队只开放部分代码，需要说清哪些分析步骤可复现、哪些受第三方许可约束。数据和代码可以相互引用，但最好各列一项，避免读者在一个模糊链接里猜测内容。

将声明与图表相互核对

拿每张主图问：读者要检查它，需要哪份数据和哪段代码？若图像源数据随图直接交付，声明可说明它与其他大型数据集的关系；若数据在受控仓储，写明条件与申请路径。表述“所有数据均公开”前，要检查是否真的包含排除样本、元数据字典和必要的处理说明。若正文方法里提到一个自写算法，声明却没有该算法的获取方式，就要补齐或解释限制。

投稿前让一个未参与分析的合作者仅凭声明找到资源、辨认版本并说出对应图号。若声明只能把人带到仓库首页，就补具体访问号、版本和与论文图表的对应。