ES&T计算化学稿件，力场参数和基组只写软件名够吗？

计算化学论文写“用某软件完成模拟”，读者仍无法知道作者真正计算了什么。Environmental Science & Technology 作者指南明确要求在正文或补充材料提供计算输入，包括力场参数、定义模型的方程或开放文献出处、具体方法和基组。若所用软件普遍可获得，应在参考文献中正确引用软件，也要引用软件所依据的方法。软件名不能替代模型方程、参数和输入记录。

准备材料时先从一项关键计算倒推。假设研究模拟污染物在矿物表面吸附：模型包含哪种晶面、表面如何终止、溶剂怎样处理、温度和边界条件是什么？若论文结论是两种污染物吸附能的差别，就必须让读者知道两者是否使用同一计算设置。只列“密度泛函理论”或“分子动力学”，仍不足以定位基组、泛函、力场与截断条件。

参数表要解释其适用对象

力场参数不应作为一串数字丢在附件末尾。写清参数对应哪类原子或相互作用，来源是公开文献、软件默认库还是作者重新拟合。若沿用公开模型，可引用方程及方法出处；若作了修改，应突出改动及理由。计算采用多套参数做敏感性检查时，分别标明主分析与对照分析，不能让读者在几个输入文件中猜哪份产生了论文主图。

基组、收敛阈值、初始构型、采样时长等选择会影响结果解释，应按研究类型给出必要细节。例如吸附能差异只有很小幅度，却由两套不同收敛设置得到，比较的意义就可能改变。方法部分可保留决定结论的设置，完整输入文件放补充材料；但正文仍要指出附件中哪组输入对应哪幅结果。若有多种初始构型，说明如何选择或汇总，而不只给收敛后最好看的构型。

软件引用也有两层：程序本身与其实现的方法。若只引用软件首页，却没有说明具体算法和理论方法，审阅者很难判断适用边界。相反，若仅引用经典方法论文却不说明软件版本，也无法确认实际实现。指南分别提出这两类引用，作者应按所用工具的正式引用建议核对，而不是从旧稿复制参考文献。

提交前重跑一个代表性构型，比较输入记录、输出日志和论文表格的单位及符号。负值是结合更强还是更弱，是否加了校正项，都应按稿件定义说清。若因服务器迁移找不到原始输入，先恢复并核对计算记录，再决定能否保留那组结果。补充材料越完整，正文越容易简洁；但可复核的关键是两者对同一计算使用同一套定义。