遗传关联研究做填补，参考面板与质量阈值怎样报告？

“已填补”不是可复现的方法

遗传关联研究的填补，是借助参考面板中的单倍型结构推断未直接测得的变异位点。填补后的剂量或概率带有不确定性，不能与芯片直接检测的基因型混成一个没有标识的列表。投稿时应说明原始基因分型平台、样本和位点质控、基因组坐标版本、预定相位与填补工具，以及所用参考面板的名称和发布版本。STREGA报告建议明确记录填补方法、准确性阈值和下游处理方式。

参考面板与研究人群要对应

不同面板覆盖的变异、单倍型数量和祖源构成不同，低频变异的填补质量尤其可能变化。方法段要列参考面板版本、基因组组装、研究样本祖源的判定或描述，并说明数据在填补前如何与面板统一等位基因方向和坐标。若多个队列分别使用不同面板，不能只在合并分析一节给出一个统称；应逐队列标注，方便读者判断结果的可比性。面板规模大也不意味着每个祖源群体和每个位点都同样可靠。

把质量门槛用在何处、何时定下写清

填补软件可能提供INFO、r²或其他质量指标，名称和含义需与工具相配。应写清阈值是在关联分析之前设定，还是看到信号后为某个位点另加筛选；也要报告小等位基因频率、缺失率等相邻筛选条件。不能把一个面板研究使用的阈值当成所有研究的强制标准。建议在补充表按频率区间给出通过质量筛选的变异数量，让读者看到低频尾部到底保留了多少信息。

下游模型用了什么值

关联分析可使用填补剂量，而不是将最可能的基因型硬性定为零、一、二。稿件应说清输入的是剂量、概率还是离散调用，所用回归模型和协变量是什么。若某个显著信号依赖较低质量的填补位点，应检查邻近直接分型位点、不同质量门槛或独立数据的支持；有条件时可用直接分型验证关键变异。填补质量高仅表示统计推断较可靠，不会自动解决人群分层、样本重叠或多重检验问题。

表格和结论保留来源层级

结果表中可标明变异ID、坐标版本、效应等位基因、频率、效应及区间、填补质量和是否直接测得。方向核对尤其关键：不同队列的效应等位基因未对齐时，合并效应会被误读。若只有一批人群支持某低频信号，应避免泛化到未覆盖的祖源。提交前请从一个关键位点向回追：它来自哪个面板、通过什么筛选、以何种值进入模型。追溯不通之处，就是方法或补充表仍需补写的地方。

参考信息：STREGA遗传关联研究报告指南与HRC参考面板原始研究。