JMC稿件使用同源模型，PDB坐标何时交、放在哪？

在 Journal of Medicinal Chemistry 稿件中展示同源模型、结合位点模型或配体与靶标复合物的三维图，不能只提交一张渲染图片。作者指南要求这类三维计算模型的 PDB 坐标在投稿时作为 Supporting Information for Publication 提交；同源模型坐标也应以 PDB 格式提供。这样审阅者和后续读者才能查看原子位置，判断图示与计算叙述是否对应。

先确认图中究竟是哪一种结构。如果来自已公开实验结构，应给出数据库标识、具体链和所用版本；如果是作者建立的同源模型，应保留模板、序列比对、建模步骤和最终坐标。若论文展示多种结合构象，不能只传一个最有利于结论的坐标，而让其他构象在图中出现却无法检查。坐标文件名可按正文图号与模型编号整理，但正文也要解释这些编号，而不是把判断工作全部推给附件。

可复核文件要与文稿中的主张对应

同源模型与真实解析的晶体结构证据等级不同。图注应明确“计算模型”及所用方法，不能把预测构象写成已经观测的结合模式。若据模型推断某个氢键决定活性，方法和结果应说明坐标是如何生成与筛选的，关键残基编号是否来自相同序列。坐标文件应与最终图中的构象一致；内部分析用的中间文件可保留，但不能误传成最终模型。如果图经过手动旋转，这不改变坐标；若图中的残基或配体实际来自另一个优化后的模型，则必须导出那一版坐标。

指南要求提交的是去氢原子的原子模型 PDB 坐标。导出后用结构查看器重新打开，核对链标识、残基编号、配体识别和坐标完整性。常见错误是软件导出时丢失配体、把多个模型合并到同一文件却没有说明，或把图示使用的蛋白构象和附件版本弄混。人工比较几个关键残基和配体位置，比仅看文件扩展名可靠。

坐标提交与方法描述应同时完成。若稿件只写“按标准流程做分子对接”，读者即使拿到坐标，也无法重现模型选择过程；应写清输入结构处理、质子化或约束设定、软件与版本、关键参数及构象筛选标准。计算模型若依赖未公开的私有结构数据，还应核对期刊对数据可得性的要求，避免附件里只有最终图而缺少支撑信息。

最后查看投稿系统预览，确认 PDB 文件归入用于出版的补充资料，并能正常下载。若建模结果在投稿前最后一次改动，正文图、图注、参数说明和坐标文件需一起更新。每份坐标都要能指回文稿中的图或结果；孤立的坐标文件无法帮助审阅者检验结论。