投Journal of Medicinal Chemistry，目标化合物合成步骤能全放SI吗？

准备 Journal of Medicinal Chemistry 的药物化学论文时，不能把所有受测目标化合物的合成步骤挪进 Supporting Information，主稿只留一句“按既有方法合成”。该刊作者指南明确要求：所有受测化合物的每一步合成程序写在主稿 Experimental 部分；补充材料可承载谱图、纯度证明等附加证据。主稿交代受测化合物怎样制得，附件再提供核查这些化合物的原始表征。

按化合物追溯路线，而不是按文件大小切开

先从生物结果表找出实际受测的目标化合物，再画出每个目标产物与中间体的路线关系。若多个化合物共用一步通法，可在主稿实验部分先交代通法，再在各产物条目写明起始物、试剂、摩尔当量、反应条件、收率和表征信息，不必机械复制同一通法十次。指南特别要求每步反应物的摩尔当量与产物百分收率，因此只有最终产物的化学名和一张反应示意图仍不够。

例如，结果表比较化合物 7a、7b 和 7c 的活性，三者经共同中间体 6 再由不同取代反应得到。主稿可以先写中间体 6 的制备，再写三条末步反应各自的投料与结果；SI 放每个关键化合物对应的色谱、核磁或质谱图。若 7b 采用与 7a 不同的纯化程序，不能用“同法制备”掩盖这个差别。读者还应能看到每个目标产物的实际收率；只有路线箭头上的理论产物编号，无法判断作者是否真正取得用于测定的批次。这样的组织让读者从活性表的编号走到路线，再走到可核查的谱图。

把证据位置写清楚

主稿 Experimental 开头可交代仪器、通用测量与纯度方法，随后逐化合物报告实际操作。SI 文件保持独立上传，给图谱与色谱编号，并在主稿的 Supporting Information 说明中简要列出文件包含什么。该刊强调纯度和结构确认，不是让作者把大量实验事实藏在附件里；关键化合物的证据位置要能从主文找到。

如果路线中某个中间体从商业渠道取得，也应说明名称、来源及实际使用的纯度信息；不能把“购买”写成一条合成步骤。若一条路线的部分步骤已见于旧文，可引用来源，但本研究中影响目标化合物取得的实际条件仍需在主稿交代，尤其是修改过的操作和最终受测批次。这样既不把别人的实验记录当成自己的，也不让读者为了重建一条路线跳转多个不相接的文件。

收稿前做一次逆向检查：从任意一行活性数据出发，能否找出相应化合物的全部合成步骤、使用的原料量与收率，再打开对应的表征文件。若某一步只在实验室记录本里，或 SI 中只有谱图没有主稿操作步骤，这条链就断了。篇幅压力可以靠合并真正相同的通法、删去重复叙述来解决，不能靠搬走期刊要求留在主稿的关键程序。