JMC虚拟筛选投稿，人工挑选命中物前的排名要保留吗？

Journal of Medicinal Chemistry 对虚拟筛选研究有一个容易被忽视的要求：若筛选产生化合物排名，应在用于出版的补充资料中写明筛选总数，以及已识别命中物在人工或其他主观选择步骤之前的排名。目的不是要求作者把每个分子的完整排序都印在正文，而是让读者分清计算模型的排序表现与作者后来综合可采购性、反应活性、结构新颖性等因素作出的选择。

先保存“模型原始输出”和“实验选择清单”两个版本。原始输出记数据库版本、总数、得分和排序；实验清单记购买、合成及排除理由。若原始得分较差的分子因合成方便而被优先测试，这完全可以解释，但不能回头修改它在计算排名中的位置。否则读者会误以为模型主动找出了所有后来验证的活性分子。

排名字段要能回答两个问题

第一，候选物在多大的筛选范围中排第几。只写“位居前列”，却不写候选总数，无法评估筛选强度。第二，排名是人工挑选之前还是之后产生的。若先用肉眼排除难处理结构，再对剩余分子重新排序，就应把两道筛选分别标明；不能把二次排序称作未经人为干预的原始结果。JMC 指南尤其点出在任何人工或主观选择前的命中物名次，应按这个时间点保存证据。

结果段宜把计算预测和实验结果放在不同列。高排名并不等于已证实活性；实验测定有失败、无活性或测量不确定性的情况，也要按研究设计报告。若只保留成功命中物，稿件会夸大筛选效率。对未购买或无法合成的候选物，也应区别标注“未测试”，不能把它们并入实验阴性结果。筛选软件、打分函数、数据库预处理、靶标构象和阈值的版本应写进方法，令排名可解释。

期刊还提醒，识别少数活性化合物不能自动验证复杂虚拟筛选流程。作者应考虑较简单的方法是否也可能找到相同结果，例如二维结构相似性或子结构搜索；若没有这样的比较，不宜把后验命中当成算法整体优越性的证明。回顾性计算基准若并未直接促成新活性化合物的识别，指南也要求不要混进这类虚拟筛选研究的结果中。

提交时，把筛选总数、命中物原始排名及必要的筛选记录放入明确命名的用于出版补充资料，并让正文引用到具体文件。再次核对化合物编号、原始排名、实验表格和结论是否一致。若某一命中物在附件排二百名而正文说“最高分候选物”，应先查清是数据库去重、不同构象排名还是写作失误，再提交。