投稿准备 · 2026/10/20
代谢组学的混合质控样本,采集顺序与漂移怎样交代?
把混合QC制备、进样顺序、漂移评估与校正参数连起来。
非靶向代谢组学结果若只写“每批设有质控样本”,读者很难判断仪器信号是否随进样顺序漂移,以及后续校正是否有依据。混合质控通常由研究样本的一部分汇集而成,重复进样可观察本批次的分析波动。代谢组学质量管理建议强调,作者应报告质控样本是什么、用于什么目的以及接受标准。投稿时要把混合质控的制备、插入顺序和信号处理连成一条可复核记录。
先写清质控样本从哪里来
说明是否从全部研究样本等量取样混合,还是只覆盖某些组别;若样本量或基质不同,也要说明混合策略。若使用外部参考材料,它与本研究混合质控承担的作用不同,不能笼统统称“QC”。记录混合、分装、保存和进样次数,避免一个批次用早期混合物、另一个批次用后来新配的混合物,却仍当作完全同一参照。若某些低丰度特征在混合质控中本来不可测,就不要拿这些特征的质控波动推断其全部研究样本中的稳定性。
进样顺序应能复原:每批次的开始、结束和研究样本之间,混合质控插在什么位置,是否有系统适用性样本和空白,研究组样本是否打乱或分层随机。方法文献给出过“起始、周期性、末尾”的示例,但具体间隔要依据研究设计和仪器稳定性确定,不能把别人的固定次数当统一标准。保留实际运行序列表,包括意外中断、重进样和维护后重新平衡;只写计划顺序不能解释真实数据中的突变。
漂移图和校正方法要有对应关系
用混合质控的重复测量检查信号随进样次序的变化,报告所用指标、特征筛选阈值以及校正前后情况。不同代谢特征可能呈上升、下降或非线性变化,不能凭总离子流一条曲线就断言所有特征都稳定。若做基于质控的漂移校正,写出算法、软件版本、拟合范围及批次边界,并检查是否把研究组真实差异一并抹平。若混合质控的进样点太少或集中在某一时段,可能不足以支撑整批漂移曲线,应说明这一限制,不能机械套用校正。
还应报告质控样本在主成分图等结果中的表现,但“质控聚得很紧”不能替代逐特征质量检查。某些代谢物可能在QC中稳定,另一些则波动很大;筛掉后者会改变最终分析特征数。正文或补充表至少给出质控特征总数、依据阈值保留数,以及最终进入差异分析的数量,并说明缺失值如何处理。Nature Methods的代谢组学报告指南指出,混合质控可评估并校正本研究的进样顺序与批次效应,但不能自动当作跨研究通用的参考材料。
提交前随机选一个差异特征,从结果图回看它在所有混合质控进样中的原始强度、校正曲线和是否被剔除;再选一个被剔除特征核对原因。把实际序列表、质控样本制备记录和校正参数一起存档。编辑可据此判断组间差异是否可能受进样顺序影响,而不只依据“质控良好”的一句概括。
参考信息:代谢组学质量管理与混合质控使用指南;《Nature Methods》质谱代谢组学报告研究。