微生物组相对丰度数据，论文为何要交代组成性？

微生物组论文常说“某菌相对丰度从百分之二十升到百分之三十，因此该菌数量增加”。这一步并不成立。测序读段通常被归一化成同一样本各类群合计为百分之百的组成数据，一个类群所占比例会随其他类群变化而变化。微生物组组成数据研究反复指出，相对丰度本身不能直接告诉我们样本里的绝对微生物负荷。投稿时应先说明结果的分母，再选择与研究问题相符的分析和表述。

用一个算例看清分母变化

设一个只含两类群的自拟算例，初始计数分别为二十和八十，总数一百，前者比例为百分之二十。第二次前者仍为二十、后者降为四十，总数变为六十，前者比例便约为百分之三十三。前者占比上升，不代表其绝对数量已经增加；在真实测序中，这些计数还受测序深度和扩增偏倚影响，更不能直接当作细胞数。这个数字例子只说明分母变化，不对应真实样本。若要支持绝对负荷变化，需另有合适的总量或定量证据。

把从原始读段到丰度表的步骤写清

方法段交代样本采集、DNA提取、测序类型、过滤、特征构建、分类数据库及版本，并说明某个“相对丰度”究竟在什么分类层级、对哪些保留类群求和。若筛掉低丰度特征或只展示前十个类群，图上百分比可能相对于全部保留读段，也可能只相对于展示的类群；两种分母不能混用。给图例和表注写明分母、未分类读段的处理及“其他”类别的组成。STORMS微生物组报告清单也建议按组与时间点报告整体分类组成，为差异分析提供背景。

统计分析中要说明是否采用对数比、组成数据方法或其他适合相对数据的做法，以及零值怎样处理。不能简单对每个类群的比例分别做普通检验，再把所有显著结果都解释为该类群自身数量改变。参考类群或比值分母的选择会影响估计的意义，应用何种方法需与研究设计、稀疏程度和可用总量资料相符。若使用原始读段计数模型，也应说明其怎样处理测序深度与组成约束，而不只给软件名称。

结果段可以写“在所采用的归一化与比较口径下，该类群所占比例较高”，并同时给出其他主要类群与总体组成变化。若讨论生物机制，明确相对变化和绝对增殖之间尚需什么证据。多组或纵向研究还要关注批次、测序深度与样本类型是否可比；不要把一个样本的比例变化直接推广为整个微生物群落的绝对规模改变。相关原始方法论文显示，参考框架会影响从组成数据推断丰度变化的解释。

提交前抽查一张核心堆叠柱图：每根柱子的分母是否一致，图注是否写明未展示类群，正文有无把“占比增加”说成“菌量增加”？再核对用于统计的表格是否与作图表同一分类和过滤版本。把原始计数、处理代码和分类数据库版本一并留档，读者才能看清结论从哪里开始、到哪里为止。

参考信息：Gloor等微生物组组成数据方法文章；STORMS报告清单；微生物组成参考框架原始研究。