微生物组研究投稿，阴性对照和批次效应怎样交代？

微生物组论文报告两组菌群不同，读者还要知道这种差别是否可能来自取样、提取或测序批次。写稿时只列测序平台和统计软件，无法回答这个问题。STORMS 人体微生物组研究报告清单把样本采集、运送、保存、DNA 提取、阳性与阴性对照、污染处理和批次效应列在实验方法中。它要求把实际做过的事情说明白，不是让作者在文章里声称所有技术偏差已被消除。

阴性对照究竟对照什么

空白采样、空白提取和无模板扩增位于不同环节：前者可帮助发现采样或环境引入的信号，提取空白可观察试剂与流程背景，无模板扩增可检查扩增步骤。清单并未把三种空白规定为每项研究都必须照搬的组合；实际用了哪一种，应写清它在何时、跟哪批样本一起处理，以及如何用于判断污染。不能把“设有阴性对照”一句话放在方法末尾，让读者猜对照经历了哪些步骤。

假设病例和对照各取一批粪便样本。实验记录显示提取空白在某次运行中出现较高的特定微生物信号。稿件需要说明如何发现该信号、是否对样本做了重新处理或过滤、主要比较是否受影响。若没有相应空白，不要在投稿阶段补写一个“阴性对照结果正常”；只能如实写出现有控制及其局限。这里说的是检查路径，不是某项真实研究的发现，也不提供可套用的污染阈值。

分组与批次不能重叠成一回事

如果病例全在第一周提取，对照全在第二周提取，组别和提取批次完全重合。之后即使统计模型出现组间差异，也难单独判断差异来自人群还是实验过程。STORMS 特别提醒报告批次效应如何可能与暴露或结局混杂，以及采取过什么措施。方法中宜交代样本的随机或平衡分配、提取批次、建库批次和测序运行；结果若做了批次评估，也说明评估依据和处理前后的影响。没有做过的随机化不能在写作时补造。

样本在室温放了多久、冻存与解冻发生几次，也可能影响读者对可比性的判断。若记录允许，写出采集到保存的时间、保存条件、运输方式和各组是否一致。若不同组处理路径不同，不要用“按统一流程”概括。对于无法追溯的环节，可在局限中明确指出信息缺口和它可能影响哪一类比较，而不是把所有实验误差笼统归成“不可避免”。

把控制信息放到能复查结果的位置

正文方法交代采集和实验流程，补充表可列每份样本所属批次及相应对照，结果段则解释过滤或污染判断改变了哪些样本或特征。最终分析样本数还要与各步骤的排除原因对应。读者应能从一个组间差异返回样本处理过程，判断该差异是否与批次同向变化。STORMS 清单能帮助定位漏项，但它不是研究质量分数，也不能替未记录的实验补证据。投稿前对照实验日志，逐项确认稿件中的控制、批次和样本排除记录确实发生过。