多组学样本编号改名，数据矩阵如何证明对应关系？

同一批标本在转录组矩阵里叫S01，在蛋白质组矩阵里叫P1，投稿前又统一改成病例001。若只改列标题，没有证据说明三者确属同一标本，整合分析可能把不同人的结果拼在一起。SCI稿件需要说明样本对应关系如何建立，也要让提交到仓库的文件名与元数据对得上。

先建立保留旧名、新名和原始样本键的映射表。每行保留实验室原始样本键、各组学别名、测序或质谱运行号、处理组、采集时间和最终公开代号。原始键不能由后来排序的行号替代，否则删掉一个失败样本后所有对应关系会移位。对同一标本分出的不同组织或时间点，分别标出子样本，不能因为受试者相同就当成同一份材料。

核查时从原始采集单向前追到每个组学的运行文件，再从结果矩阵列名反向回到采集单。若一个样本有两个技术重复，要明确合并是在原始信号、特征计数还是统计模型阶段完成。若某一组学缺失该样本，整合矩阵应保留缺失说明，而不是把下一列顺移补上。做一张样本乘组学的存在矩阵，可发现重复、缺失和孤立列。

GEO提交指南要求高通量数据的处理矩阵列名与样本元数据中的库名或样本题名对应，并要求原始文件名唯一。GEO的样本记录还包括样本处理条件和协议。稿件中的纳入流程、仓库元数据和本地矩阵若使用不同命名，必须提供可审查的映射；公开版可用脱敏代号，敏感的真实身份键由机构安全保存，不应上传到公共仓库。

整合分析前用程序验证各矩阵列的数量和集合，检查大小写、前导零、空格和重复后缀。再随机抽取几个样本，核对性别、组织类型或其他允许核对的生物学特征是否一致；这些只能作为异常提示，不能单独替代原始采集记录。发现错配时重建相关矩阵和下游结果，不能只改图例中的代号。

方法段写明编号规则、改名时间、映射核查者和排除样本数。补充材料可提供不含个人身份的旧代号与新代号对照。投稿前让另一位合作者在不询问制表人的情况下，从一列结果回到对应原始文件。能双向追溯，整合结果才有可信的样本基础。

还要分清生物学重复与技术重复。一个受试者在不同日期采集的两份材料可以有相同受试者键，却不应共用样本键；同一提取物上机两次则应保留运行键和合并规则。若公开仓库只接收部分组学，稿件补充表至少应给出其余组学的受控访问路径和代号映射说明。提交前将映射表冻结为只读版本，并记录校验值，之后新增样本另发修订版。

参考信息：NCBI GEO高通量提交与样本记录官方说明。