投Nature时，protocols.io实验方案怎样写进Methods？

实验步骤存到 protocols.io 后，投 Nature 的稿件仍要写清这份记录用在何处。Nature 的初投说明鼓励作者存放逐步实验方案，并要求已存放的方案在 Methods 中提及、列入参考文献。正文还要保留理解结果与复现实验所必需的材料、条件和关键判断。平台记录提供更细的操作步骤与版本信息，不能靠一句“详细方法见平台”替代整段方法。

先确认稿件说的是哪一个版本

实验室方法常在试验中调整。例如最早方案写离心十分钟，最终实际分析使用的是经验证后改成的十五分钟。若 Methods 仍描述旧步骤，却引用平台上的新版，读者无法判断论文结果来自哪个流程。整理方案时，应把真正用于本研究的试剂、顺序、时间、判断条件和偏离原计划之处核对一遍；再确认平台记录的标题、作者、版本及识别信息与稿件一致。这里的时间只是自拟示例，不代表可供照做的实验条件。

Methods 可以用一两句交代“样本按某方案的第几个版本处理，本研究在某步骤作了什么改变”，并在需要的位置引用该方案。若改动影响结果解释，不能只放进平台附件而不在主稿中提示。若本研究未改动已存方案，也应核实平台所列材料和参数确实与本次实验一致。另一方面，正文不必逐字重印平台上的全部操作指令；保留研究对象、主要材料、关键参数和分析步骤，让读者知道引用的方案在整项研究中承担哪一环。

未公开的方案与可引用记录要分清

protocols.io 的帮助文档说明，草稿可保持私密并分享给指定人员；“保留 DOI”状态有识别号但尚未公开，也能用于提交中的研究稿件。保留 DOI 后该版本不能继续直接修改；若仍需更改，要新建版本。作者因此要分清三件事：编辑中草稿、可供审阅的私密版本、计划随论文公开的可引用版本。不要因为拿到了 DOI，就以为任何读者此刻都能读到方案全文；若评审需要访问，须按平台和期刊可用的方式提供审阅入口。

参考文献条目应指向实际使用的方案版本，至少核对作者、方案名、版本或发布日期，以及平台给出的识别信息。Nature 的初投说明还要求参考文献包含所引资料的标题，编号中每一项只列一份资料。若作者后来又改了平台方案，不能悄悄让稿件引用指向一个内容不同的版本；应同步修改 Methods 的描述和参考文献，并让编辑部能知道本次提交对应哪个记录。

最后从读者角度试走一次：只看论文 Methods，能否知道什么步骤直接产生了分析数据；按文献条目，能否定位到相同版本的详细方案；若访问暂受限，评审是否有可用的查看办法。三处都对上，平台引用才真正帮助复核。Nature 的要求是提及并列入参考文献，但具体材料是否还需单独提交、何时公开，仍要依当前目标稿件的投稿说明和平台状态来定。