换了外群后树根移动，系统发育图注怎样说明？

同一组物种序列，作者原用甲物种作外群，后来改用乙物种，树根从一条枝移动到另一条。图注若仍只写“最大似然系统发育树”，读者会猜：树的内部关系是否也改了，还是同一棵无根树被重新摆放？这两种情形对应不同的分析过程，不能靠旋转图片掩盖。投稿前应先弄清软件输出与绘图操作各自做了什么。

先翻方法记录：换外群时，作者只是重画树，还是重新跑了序列分析？IQ-TREE教程提示，常用时间可逆替代模型得到的是无根树；图画在某条枝上，并不等于该模型单独推断出那个根。若仅在同一无根拓扑上按另一个外群重新定根，内部类群的分裂关系可能没有变，只是祖先方向的解释变了。若把新外群序列加入比对后重新估计模型和拓扑，改变的就不止画法；两份结果需要分别保存和比较。

外群不是“画在最左边的标签”。应说明它为什么被视为内群之外、与内群距离是否适中、是否存在难以比对的长枝或缺失数据。过远的外群可能增加定根不稳定性；过近而实际上属于内群，则会改变比较前提。选择依据可来自已有分类和独立证据，不应只因某个外群能让图符合预期就采用。若用多个外群，要列出物种及其位置，不能笼统写“若干近缘种”。

方法段记录序列来源、比对范围、替代模型、软件版本、外群名单和定根命令或后处理步骤。尤其要说明报告的支持度对应哪一次拓扑推断，不能把旧树的节点数值直接贴到新推断的枝上。若只是重新定根，同一无根树的分裂支持度可继续用于对应分裂，但根的位置本身未必由这些数字支持。节点旋转还可能让枝序视觉变化，图注须提醒读者别把左右顺序当作独立证据。

树根移动先要区分重新定根与重新推断导致的拓扑变化。实际需要进一步查看的是：内群的主要分裂是否稳定，根的不同位置会改变哪些演化方向或祖先状态结论。若结论只涉及内群无根分组，可能影响有限；若要声称某性状先出现于哪一支，根的位置就是核心假设。可并列展示两个有合理依据的外群方案，并在补充材料列出对应树文件及差异，而不是只公布最顺眼的一张。

图注可写“树由某模型推断；按甲、乙外群定根，灰色标记为内群；节点数值表示某方法的分裂支持度；替代外群下根位置见补充图”。如果实际只有重新绘图，应明确为“同一无根拓扑重新定根”；若重新运行，则列出不同分析。比例尺还应解释为每位点替代量等适用单位，不要把枝长误当时间，除非已经做了时间校准。

提交前对照方法、主图、补充树文件和结论中的祖先方向措辞。图像可以很容易改根，结论却必须随之复核。能让读者区分“谁与谁成组”以及“哪一端更早”，这张树的图注才完成了任务。

参考信息：IQ-TREE《Rooting phylogenetic trees》与《Command Reference》。