代码不能公开，投PLOS Computational Biology如何写获取路径？

研究代码涉及合同限制或可能泄露敏感信息时，不能在 PLOS Computational Biology 稿件中只写“代码可向通讯作者索取”。该刊要求直接支撑研究发现的作者生成代码在文章发表时公开，法律或伦理限制可以申请例外，但须在投稿时提出，由编辑评估。稿件的数据可用性声明要写清限制是什么、怎样申请使用代码，并给出作者之外的第三方联系人。

先划清哪些代码真的受到限制。把产生论文图表的预处理、分析和绘图脚本列出来，再标明哪些可公开、哪些确实不能公开，以及原因来自合同、法律还是伦理审查。若只是代码还没整理好，或担心别人先用，不宜把它写成法律例外。如果限制来自合作协议，先找出协议里实际限制传播的条款，再确定是否存在可供编辑查看的审阅安排；口头说“合作方不同意”不能说明限制的具体范围。PLOS 的说明举出可能识别患者的代码、双重用途风险和出口限制等情形；具体项目的限制仍须以实际文件和审批条件说明，不能套一个含糊理由。

声明要给出可执行的申请办法

可按三个层次写：第一，公开代码的仓储和对应版本；第二，受限代码包含什么、为何不能直接下载；第三，申请者需要联系哪个机构部门、提供哪些材料、谁决定是否准入。该刊明确说，只有作者本人的邮箱不能作为唯一申请渠道；应有机构访问委员会等第三方分发联系人。示范句可写成：“用于生成图3的识别性脚本受机构数据使用协议约束。申请者可向某机构数据访问委员会提交研究计划和保密承诺；委员会按协议审查并提供获准版本。”这只是表达结构，正式投稿须填真实机构、条件和联系信息。

申请例外不等于审阅者无法看代码。该刊说明相关代码在投稿及编辑评估期间应供编辑和审阅者查看，但可以在接受前保持非公开。因此需要提前和拥有权限的机构确认，是否能给编辑安全的审阅方式，以及正式发表后怎样处理访问申请。若连编辑都无法核查关键分析，方法和结论也会难以评估。

最后把声明与实际权限再对一遍：公开部分是否可下载、受限部分的原因是否具体、第三方是否同意承担分发、读者照说明能否发起申请。把投稿系统所填的可用性字段也和主稿中的声明核对，避免两处写成不同的访问条件。编辑对例外是否认可由期刊决定。不要把“作者可以酌情分享”写成所有读者都能取得，也不要承诺机构尚未批准的开放日期。