分子动力学轨迹太大，投PLOS Computational Biology该交哪些文件？

分子动力学模拟的轨迹文件可能比论文主稿大得多，但“文件太大”不能代替数据说明。PLOS Computational Biology 的作者指南专门列出此类研究应备的材料：补充材料中的 README、模拟软件及版本、完整的起始输入文件，以及放在公共仓储的轨迹。材料应让读者沿着初始条件找到相应轨迹；一个没有目录说明的压缩包做不到这一点。

先把输入和输出分开

起始输入包括坐标、拓扑和参数文件。它们决定模拟从什么体系出发、采用什么相互作用设定，指南要求以人可读的格式作为补充材料提供。一个文件名叫 final.zip 的包并不能让编辑知道里面是输入、分析结果还是只含图片。可按“体系名称—起始结构—拓扑—参数”整理子目录，并在 README 逐项写明文件用途。若使用多个温度、重复运行或不同突变体，目录应能追到论文中对应的图和比较组。

轨迹是计算进行后的输出，指南建议按可发现、可访问、可互操作、可复用的原则存入公共仓储。大文件不必硬塞到主稿附件里，但仓储记录应能定位到具体版本和文件。数据声明写仓储名称、持久标识及版本；正文第一次讨论某套轨迹时，让读者知道是哪套体系和条件。若仓储只写“所有轨迹”，却没有与图中组别的映射，复核者仍要猜哪些文件产生了哪条曲线。最好把每条轨迹的运行编号、模拟时长和用于分析的时间窗写在索引里；这样的索引只是定位信息，不替代正文对模拟设定与分析办法的说明。

README要让别人接得上模拟

README 不只列文件名，还应解释软件版本、如何取得软件、运行顺序，以及文件与论文图表的关系。可以用这样的内部对照：图2的对照体系使用 input/control 下的起始文件，分析所用轨迹在 archive/control 下，分析脚本读取的时间范围和舍弃的平衡阶段在方法段说明。示例目录名只是帮助说明组织方式，真实投稿应替换成实际文件。若许可证限制某个模拟程序的传播，作者指南允许在不能共享软件和脚本时提供足够详细的方法，使结果原则上能够用公开软件复现；不能因此省去输入与参数。

提交前从空目录演练一次：仅凭 README 能否找到所有起始文件、判断软件版本、定位每条轨迹并得到论文采用的分析区间。最好请未参加模拟的合作者执行，看看文件命名是否只有原作者自己懂。记录缺失的拓扑或参数比写“数据可按需索取”更有帮助。编辑和审阅者也可能要求补充资料，因此保留计算日志及文件生成关系，遇到询问时才能准确回应。