投PNAS Nexus时，方法细节放进补充材料后主文还要留什么

论文篇幅紧张时，作者常把完整实验步骤放进补充材料，主文方法只写“按标准流程检测”。投PNAS Nexus时，这样做会留下实质缺口。其作者说明要求主文包含Materials and Methods，并提供足以让读者理解实验的内容；相关信息不能全部只放Supporting Information。决定主文方法写到多细时，从结果倒推：读者只看主文，能否说出研究对象、关键操作、比较组、主要测量和分析路径？可以把主文方法想成一张可读的路线图：谁进入研究、接受什么处理、在哪个时间点测量、结果如何比较。完整操作手册则可放到补充材料。路线图如果缺一环，读者看到结论时便无法判断它来自何种研究设计。

主文保留决定结果含义的选择

例如一项野外水质研究得出不同流域污染水平有差异。主文至少写清采样地区和时段、采样单位、关键检测指标、是否按流域分组及主要统计比较。若这些内容都只在补充文件，读者看结果表的均值也不知它代表同一时间的水样还是跨季节混合样。试验稿还要交代分配规则、干预和主要结局定义；计算稿应说明数据来源、训练与测试的基本分割及评价指标。不是要求把每个操作参数都塞进主稿，而是保留会改变结果解释的决策。

补充材料适合放长篇试剂清单、仪器设置、推导中间步骤或备用分析流程。放到补充材料后，主文应在相应方法段指向明确的补充章节，同时保持术语和编号一致。不能主文写“见SI方法”，却没有任何方法概览；也不能主文称研究采用版本二算法，SI仍是版本一参数。若对第三方数据做筛选，主文写清筛选原则，SI再列完整代码或变量表。读者应能先理解比较，再决定是否追看每一步。

用结果段反向测试方法是否足够

找出结果段的三个关键名词，例如“独立样本”“校正后差异”“外部验证”。回到主文方法，看看每个名词的含义和生成方式是否已经交代。如果“外部验证”其实是同一机构的下一批患者，主文必须说明人群来源，不应只在SI一张表的脚注里透露。若结果报告一个置信区间，说明所用分析单位与模型；否则读者可能误把技术重复当独立样本。这样的回查比按字数比例切割方法段更可靠。

PNAS Nexus还要求作者遵循研究领域的报告标准、说明实际使用的标准。报告清单可帮助发现遗漏，但不能替代正文方法。主文与SI的关系应是“读主文能判断结论是怎样得来的，读SI能进一步复核细节”。在投稿前让一位同领域但未参与项目的同事只读主文，复述样本、关键操作和分析；若他必须先翻SI才能说出研究设计，主文方法还需要补写。