蛋白质组学投稿前，PRIDE 数据集与稿件怎样核对？

蛋白质组学稿件在 PRIDE 得到 PXD 号后，不能只把号码贴进数据可用性声明。编辑和读者需要凭这个号码找到与论文分析相同的质谱运行、鉴定结果和实验说明。可从以下做法开始：把“稿件的样本与比较”同“仓储中的项目、文件和元数据”逐项对齐，再核对审稿期可访问的方式。

先确定一个项目包含哪些实验

EMBL-EBI 的 PRIDE 说明，一个数据集通常对应一篇稿件描述的数据。整理时先列出每个实验组、样本、批次、质谱运行和分析结果。原始仪器输出、峰列表或搜索结果、定量表、样本与技术元数据，应按实际实验情况组织；不是每篇论文都有完全相同的文件类型。若一篇文章复用自己的早期公开项目，不能把旧项目中的其他实验也说成这次上传的新数据，应在稿件中分别标明本次项目和被复用项目。

一个容易漏掉的连接，是文件名与样本名。假设正文写“处理组第 3 个生物学样本”，仓储文件却只叫 run07.raw，审稿人无法判断它对应哪一列定量值。可在提交前做一张内部映射表，列“稿件样本名—原始文件—处理结果—分析图表”，并用仓储允许的元数据字段把样本信息说清。映射表里的数字只是本研究的真实记录，不能为了凑齐分组临时改名。

PXD 号要能指向可检查的内容

收到 PXD 后，回到 PRIDE 项目记录核对标题、物种、实验设计、样本处理与数据处理说明。再选几张支撑主要结论的论文图，逆向找到产生该结果的原始运行和处理文件。若论文用某一批次作了过滤或归一化，仓储说明与方法章节应使用相同术语和范围。仅有原始文件而没有足够的样本说明，虽然“上传了数据”，仍会妨碍别人解释它。

私有项目在公开搜索中可能看不到。投稿时应依目标刊要求提供审稿访问所需信息，并由非提交者视角测试是否能打开所需内容；不能把提交者自己的登录成功，当成审稿人也有权限。PRIDE 页面区分提交者账户与审稿访问，账号与访问凭据应放在投稿系统指定的私密位置，不写进将公开的论文正文。

临提交前再比对一次 PXD 号的每个字符、仓储项目标题与数据声明。稿件若临时删除了一组分析，仓储可以保留完整数据，但文章必须准确说明本次用了哪一部分。数据公开时间也要与期刊政策和仓储设置协调；PXD 号已经取得，并不等于该项目现在已向公众开放。

检索 PRIDE 帮助文档时还会看到 COMPLETE 与 PARTIAL 的提交类型。它们描述数据和结果的提交形式，不是研究质量等级。作者应按实际文件组织选择，别为了显得“完整”而把无法提供的鉴定结果写入项目说明。提交后若又替换文件，应重新核对映射表与稿件版本。