蛋白质组搜索库更新后鉴定数变化，稿件怎样交代？

同一批质谱原始文件，去年搜索得到四千个蛋白，今年换了新的序列库后得到四千五百个。若论文只写“重新分析后鉴定能力提高”，读者可能以为仪器或算法改进，实际上候选序列变多、注释改变也足以影响计数。投稿前应把新旧搜索的差异分开记录。

先把新旧两次搜索各自使用的输入文件和参数冻结。保留原始谱图、搜索软件、酶切与修饰参数、评分阈值和目标数据库FASTA校验值。UniProt说明蛋白质组集合会随新证据更新，且不同蛋白质组有标识；条目历史页又记录序列与注释版本。若只保存一个下载网址，将来它可能指向更新后的内容，无法复现当时的搜索。方法段应写明蛋白质组标识、发布日期、下载日期和包含的条目数。

比较两个数据库中的新增、删除和序列修改，而非只比较最终蛋白数。如果新库增加了异构体或同源蛋白，某些原本唯一的肽段可能变成共享，蛋白推断反而更难；新增候选也可能改变诱饵比例和错误发现率估计。若旧库含污染物库而新库没有，必须统一规则后再比较。不能把“鉴定更多”直接解释为“发现了更多生物学表达”。

做一个受控重跑：尽量保持谱图、搜索参数和过滤阈值不变，只更换序列库；再单独比较软件或参数变化的影响。列出PSM、肽段、蛋白组各层级的数量及对应FDR，避免一个总数隐藏层级转换。对论文核心候选蛋白，检查旧库中是否没有该序列、是否改名、是否与另一个条目合并。名称变化与真实新增鉴定应分开报告。

结果段可写“在相同原始数据和搜索参数下，使用某版数据库时获得若干蛋白组；新版本增加的候选序列使部分谱图重新分配”。如研究主要分析建立在新版结果上，明确旧版是前期探索还是独立验证，不要在同一图表里混用两版的蛋白数。差异蛋白分析的分母也要与所用鉴定列表一致。

投稿附两版FASTA来源、校验值、完整搜索参数和版本比较表。若不能重新分发数据库，可提供稳定下载标识及脚本。让合作者随机选一个“新出现”的蛋白，判断它到底来自新增序列、评分改变还是蛋白组拆分。只有把这些来源分开，鉴定数变化才有可解释性。

对用于正文机制图的核心蛋白，另做逐条追溯。记录旧版和新版的登录号、序列长度、名称及肽段唯一性变化。若只是名称或注释更新，结果图可更新说明，但原搜索使用的序列版本仍需保留；若序列本身改变，就要重算受影响的证据链。论文中引用数据库应指向确切发布版本，补充表把鉴定变化的原因逐项列出，便于编辑理解改版影响。

参考信息：UniProt蛋白质组与条目历史官方说明；EMBL-EBI蛋白鉴定资料。