蛋白质组数据库搜索，靶标与诱饵策略怎样写？

质谱稿件写“用靶标—诱饵方法控制错误发现率”，却没有说明诱饵怎样产生，也没说百分之一阈值作用于谱图、肽段还是蛋白层。相同原始谱图可能因数据库规模、序列版本和筛选层级不同得到不同蛋白数。投稿方法段应把搜索空间、评分和验证步骤连成一条可复核的链。

先说明用于搜索的目标蛋白序列究竟来自哪个数据库和版本。记录物种、UniProt蛋白质组标识、下载日期或版本，是否含异构体、常见污染物和额外自建序列。UniProt说明蛋白质组可对应不同组装，且持续更新。只写“搜索UniProt数据库”无法确定当时的候选集合。若加入了样本特异突变序列，说明这些序列的生成方式与数量，不能让靶标库在不同样本间悄悄改变。

诱饵序列是如何由目标序列构成的，需要具体描述：反转、打乱或其他方法，是否保留酶切位点，如何处理目标与诱饵意外相同的肽段。写明目标与诱饵的数量关系、搜索软件和版本、酶切规则、漏切数、质量容差及固定和可变修饰。EMBL-EBI的蛋白鉴定培训把诱饵与错误发现率计算列为关键步骤，说明“采用FDR”只是起点，不是完整方法。

报告阈值作用的层级和计算范围。谱图匹配层的百分之一，不自动意味着最终蛋白列表也达到同一错误发现率；肽段合并和共享肽段推断还会改变集合。若分别控制PSM、肽段、蛋白层，列出各自阈值和通过数。若对每个运行单独控制后再合并，和对全部运行一起估计，也要说明。对低丰度蛋白或单肽鉴定，列出额外验证条件而非只报一个总数。

结果表中可按层级依次给出原始谱图数、通过匹配数、唯一肽段数和蛋白组数，并说明污染物、诱饵与反向命中的最终处理。若蛋白组代表多个不可区分蛋白，别把组数说成确定的单个蛋白数。数据共享时提供原始文件、搜索参数和序列库标识，保护受限样本身份的同时保留方法透明。

投稿前抽查一个关键蛋白，从原始谱图、匹配分数、对应肽段到蛋白推断逐级追溯；再重跑一次汇总脚本核对各层数量。若只改了数据库版本，鉴定数也可能变化，应说明版本变化而不是把差异全部解释为生物学效应。

尤其要核对搜索空间和阈值的依赖关系。加入异构体、污染物或自建序列后，目标库规模改变，旧搜索得到的分数与新搜索不能简单并排套用同一阈值。若用转移鉴定或匹配库辅助定量，应把直接谱图支持与推断转移分别计数。补充表列出每个关键蛋白的代表肽段和是否共享，以便读者判断结论是否依赖单一边缘鉴定。

参考信息：EMBL-EBI蛋白鉴定培训；UniProt蛋白质组官方说明。