RNA-seq选poly(A)还是去rRNA，投稿时怎样解释选择？

“做了RNA-seq”并不能说明测量的是哪一类RNA。两篇研究即使使用同一测序平台，一篇先富集带多聚腺苷酸尾的RNA，另一篇从总RNA中去除核糖体RNA，进入文库的分子范围也不同。欧洲生物信息学研究所的RNA测序设计材料指出，总RNA有助于检测编码与非编码RNA，但通常还需处理大量核糖体RNA；多聚腺苷酸富集常用于真核生物的信使RNA研究。投稿时应把选择理由写成研究目标与可观察分子的关系，而不是简单列一个试剂盒名。

先写清要回答什么问题

如果主要研究常规带多聚腺苷酸尾的转录本，富集方案可能与问题相符；若计划分析不带这类尾部的转录本或部分非编码RNA，就要评估仅做此类富集的遗漏范围；降解样本还需单独考虑RNA完整度对方案的影响。去除核糖体RNA也并不等于文库中完全没有核糖体读段，更不能保证所有非编码RNA都被完整捕获。不同物种、组织和RNA质量还会影响方案选择。方法段应说明目标RNA类别、样本条件和方案限制，避免把一种建库策略描述为普遍优于另一种。

实际写法从总RNA的来源和质量控制开始，接着报告采用多聚腺苷酸富集、核糖体RNA去除或其他选择方法，列出试剂、版本、关键处理步骤和输入量。若去核糖体RNA，说明针对的物种与核糖体RNA范围；若使用混合方案，则按真实流程交代先后顺序。ENCODE批量RNA测序标准把多聚腺苷酸阳性、去核糖体RNA的总RNA和多聚腺苷酸阴性文库列为不同输入类型，说明这些标签会影响数据解释。样本表及数据仓库元数据也应使用一致名称。

不要用分析结果倒推建库方法

测序完成后，可报告总读段、映射读段、分配到所关注RNA类别的读段及相关质量指标，但不能因为某些转录本没有检出，就断言其在样本中不存在。没有检出的原因可能包括选择步骤排除了目标、表达量低、测序深度不足或注释覆盖不足；要结合文库方案和分析限制判断。若方法选的是富集多聚腺苷酸RNA，讨论里便不宜把未检出的非多聚腺苷酸转录本解释为“无表达”。若宣称比较两组非编码RNA，先确认两组使用的是同一可比的选择方案。

多批次或公共数据整合时，额外核对每个样本的选择方式。一个批次用多聚腺苷酸富集、另一批次用总RNA去核糖体RNA，差异可能混入文库构成影响；不能只在统计模型里写“控制批次”就省略实验口径。列出每组样本数、建库批次及选择方法，说明是否分别分析、设定限制或采取了有依据的校正。若原始记录不足以辨认某一批次，不要自行把它归入占多数的方案。

提交前从一张关键结果图反向检查：图中转录本是否属于所用方案可合理观察的范围？正文结论有没有超出该范围？把方法、样本清单、测序仓库登记和讨论中的限制逐项对齐。选择方案划定了研究能回答的问题；把它写清，读者才知道阴性结果和组间比较应怎样理解。

参考信息：欧洲生物信息学研究所RNA测序实验设计材料；ENCODE批量RNA测序数据标准。