RNA-seq比对率和定量结果，流程里要写哪些版本？

比对率不是流程的全部

RNA-seq稿件常有一句“采用软件比对，平均比对率为某值”，却没写读段最终被分配到哪套基因模型。比对率回答的是读段与所用参考序列的匹配状况；表达矩阵还受注释版本、计数规则和样本筛选影响。投稿前应把原始读段、清洗、比对或伪比对、定量、差异分析按实际先后写成一条可复现路径，并标出产生最终矩阵的那次运行。方法段不需要堆满命令行，但涉及解释差异的选择不能省。

参考序列要能被重新找到

只写“人基因组最新版”，别人无法定位当时用的是哪套序列和注释。应写物种、参考组装名称与版本、基因注释提供方及发行版，并说明基因组序列与注释是否匹配。若构建过自定义索引，交代索引所用文件和建立时的参数。比较不同数据集时，某组用旧注释、另一组用新注释，基因数和转录本边界就可能不一致；这不是在结果表里补一个软件名便能弥补的问题。可把完整文件标识、校验值或可获取的资源编号放在补充方法。

软件和参数写到影响结果的地方

STAR等比对工具随版本变化会更新行为与默认设置。论文应给出工具名称、版本、读段类型、链特异性设置、允许错配或多重比对的关键规则。定量工具还要说明按基因还是转录本汇总、使用哪套注释、是否做长度或组成校正。若借用固定流程，也应记录该流程的版本和本研究覆盖的参数，不能只给流程网页的名称。差异分析软件版本、设计式与多重检验方法，属于表达结果的另一层版本信息。

质控指标要有分母

报告总读段、过滤后读段、唯一比对或分配到基因的比例时，先写清分母。一个样本可能有较高的总体比对率，但低比例读段被计入目标特征；两者不是同一个指标。可在补充表按样本列出原始读段数、过滤数、比对数、分配数以及排除样本的事先规则。正文概述范围即可，让读者能看见异常样本是否仍被保留。

让结果表能追溯到流程

差异基因表应标明基因标识体系、效应方向与分析对比；数据仓库中的矩阵要写明是原始计数还是标准化值。若分析过程中更新过参考或工具，不能将两轮结果混在一张表而不说明重算范围。一个实用检查是请同事只凭方法和补充表复述：这批FASTQ用了哪个参考、如何得到计数矩阵、哪些样本进入最终模型。答不出来的缺口，通常就是投稿前该补的版本记录。

参考信息：ENCODE RNA-seq标准、STAR软件登记资料与nf-core/rnaseq原始流程文档。