科研数据投稿 · 2026/10/24
系列化合物投RSC,怎样用CSV汇总结构而不让编号失联
依据RSC实验报告建议为化合物库提供可复用摘要文件,关联SMILES、InChI、名称与正文编号。
一篇合成论文报道四十个类似物,正文表格用A1到A40,补充信息用反应编号,数据库文件又只有化学名称。即使每个结构都画对,读者仍难把某一行活性值对到可计算的分子结构。RSC实验报告指引鼓励报道化合物系列或化合物库的作者遵循FAIR原则,随投稿提供摘要文件;建议格式包括CSV、TSV或SDF,并给化学结构相关字段如SMILES、InChI和InChIKey。要点不是多交一个表,而是让不同文件之间能稳定对应。
先建立不可变的主编号
为每个独立化合物分配一个贯穿主文、支持信息、谱图和数据表的编号。盐型、立体异构体、同位素标记物或不同批次是否共用编号,应先依据研究问题规定清楚;结构确有不同就不要以同一个模糊代号合并。摘要文件至少设编号、名称、结构表达和说明字段。若存在同义名称,把它放在Synonym一类字段,别把多个名字挤进主编号栏。列名、单位和缺失值也要有说明。
导出SMILES后应由懂结构的人抽样复核手性标记、芳香键、盐和电荷;再用独立工具或原始画图文件核对InChI与InChIKey。结构字符串看似只是计算机代码,但一个手性符号或质子化状态错误,就会让后续检索对应到另一个物种。若表格由绘图软件批量导出,抽查不能只看前几行;应覆盖手性中心、带电结构、金属配合物和没有标准表达的例子,并记录哪些结构需人工说明。编号列不要用自动生成的行号替代,因为以后插入化合物时行号会变化。多个异构体若共享一个通式,需另列具体立体信息,否则数据库无法区分。RSC给出的字段是推荐的可复用结构描述,不代表所有体系都必须用同一种表达;聚合物、配位网络或不定组分材料,要清楚标注表达方式的局限。
把表格与论证对应起来
主文筛选图中的活性排序、补充信息中的合成收率与摘要文件中的编号应能一对一核对。若一个样品测了多个条件,保留样品编号,再以单独实验记录表示不同条件,不复制成多个看似不同的化合物。变更结构后记得同时更新图式、产率表和数据文件,不能只改主稿图片。对于没有测得的数据,用明确的缺失原因而不是填零;零可能被下游分析误解为真实结果。
投稿前让合作者随机抽五个编号,从CSV找到结构,再反向找到谱图与正文结果。把表格按原格式打开一次,检查特殊字符、科学计数法和前导零是否被软件自动改写。若抽查中有一个编号无法往返对应,先查清整组数据是否受同一导出规则影响,再上传。