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结构数据投稿 · 2026/10/18

小分子晶体结构投稿前,CIF、checkCIF 与 CCDC 编号怎样对应?

逐个对应化合物、CIF 文件、验证警报与 CCDC 沉积号。

小分子晶体结构论文里,CIF、checkCIF 报告和 CCDC 登记号承担不同任务:CIF 保存晶体结构与测量、精修信息;checkCIF 检查其中的异常和缺项;登记号让审稿人及读者定位已沉积的数据。投稿前要确认三者指向同一套最终结构,而不是只把 CCDC 编号填进稿件。这里讨论的是小分子或金属有机晶体数据,蛋白质结构的 PDB 流程另有体系。

从化合物编号建一张对应表

先列出正文中的化合物编号、晶体样品名、CIF 文件名、沉积号和结构图编号。若一篇文章报告三种晶型,不要把“化合物 2”的两个晶型合并成一个模糊的登记号。逐项核对分子式、晶胞参数、空间群、温度及结构中包含的溶剂或反离子,看看它们是否与文稿的描述和图表相符。实验室内部代号可以保留在工作记录,但公开稿件里应让读者看懂哪个结构支持哪条主张。

CCDC 的沉积服务接受 CIF 与相关结构因子文件,并可生成 checkCIF 报告。获得报告后不能只寻找“通过”字样:警报可能表示缺少测量信息、数据和模型有冲突,也可能有可解释的特殊结构。应打开具体警报,回到数据处理或精修记录核查。需要回应的警报按目标期刊和 checkCIF 表单要求提供原因;“已经做了 checkCIF”本身不是解释。

为什么改过 CIF 后还要重查

自拟例子:作者最初把一个溶剂分子按全占有率写入 CIF,之后根据精修结果调整了占有率,却继续使用先前的报告和表格。此时登记号仍可能相同,但报告、CIF 和论文中的分子式、图示不再相互吻合。最终提交应以同一版数据重新生成或获取核验资料,再更新正文、图注与补充信息。结构图好看,也不能代替对真实问题的处理。

投稿系统有时要求单独上传 CIF、结构因子或验证报告,有时由仓储记录关联。具体文件和命名按目标刊作者指南处理。提交后保留回执与文件版本,用于核查编辑看到的是哪一版。若有几个沉积号,数据可用性段应逐个对应化合物或晶型,不能只给一串号码。最后请不参与精修的合作者按“化合物编号—正文主张—结构图—CIF—报告—登记号”走一遍;走不通的位置就是需要修正的地方。

对于报告里标为警报的项目,还要分清“可以用文字解释”与“必须回到数据重做”两种情况。比如模型中某个位置有无序,可能需要在精修说明中交代;若文件本身缺失关键数据,解释文字不能替代补交文件。所有回应都应对应实际测量记录,不能因为期刊要求提交一份验证表,就机械填满表格。