空间转录组细胞分割结果，稿件怎样说明算法与质控？

Visium HD论文写“获得三万个细胞”时，这些细胞通常不是仪器直接逐个读出的，而是先在组织图像上划分核或细胞边界，再把空间条码分配给推定细胞得到。方法段若只写“使用软件自动分析”，读者既不知道细胞数的来历，也看不出边界错误会如何影响细胞级表达。

先交代分割从哪张图开始

写明组织保存和染色方式、参与分割的显微图像、Space Ranger版本，以及使用默认分割还是外部制作的掩膜。10x Genomics的说明显示，Space Ranger 4.0及之后的Visium HD流程可做核与细胞分割；在符合其说明的H&E图像输入条件下，spaceranger count可自动执行相关分割。若使用自定义掩膜，则应说明掩膜如何产生，并核对其坐标与提交给分析流程的显微图一致。两种方案都可能产出“细胞”，边界依据却不同；只写“自动分割”无法让人复核。

细胞分割并不等于给每个条码找到真实、无争议的细胞归属。官方输出文件把高分辨率条码、聚合方格、细胞编号以及条码是否落在核内或细胞内的关系放在映射表中；图形掩膜另有对应文件。方法段不必逐项抄文件名，但至少说明从分割边界到细胞表达矩阵的分配逻辑。若在核周围扩张得到细胞边界，扩张距离或软件默认设定会影响邻近细胞的归属，应保留实际设置。

质控要看哪些错误

Space Ranger的交互式总结页提供分割图与细胞尺寸等视图，可用于初步质控。研究者可以在密集细胞区、组织边缘、坏死或破损区域抽查：是否把相邻核合成一个细胞，是否在无组织背景生成细胞，是否把明显破裂区域的条码归给完整细胞。抽查不能证明整个切片零错误，但能帮助判断是否需要修正掩膜、排除局部区域或收窄结论。记录检查的区域、采用的决定与修改后细胞数，比只说“质控通过”更可复核。

假设一张切片的边缘折叠，自动分割在折叠带生成许多过大的细胞。若研究要比较边缘与中心的细胞类型比例，这些错误可能直接制造表面上的空间差异。作者应先在分割图中定位折叠带，说明相关区域是否排除或重做分割，再展示处理前后保留的细胞与条码数。淡化比例图的颜色不会修复错误边界，也不能替代区域处理记录。

结果文字与文件保持同一版本

论文中的“细胞数”应对应所分析版本里最终保留的分割输出，不与原始条码数或8微米方格数混写。图注写明展示的是核、推定细胞边界还是细胞类型注释；模型推断出的细胞类型也不等于显微图上直接观察到的形态类别。若后来改用自定义掩膜，空间表达矩阵、分割图、质控页和结果统计都要重新核对。这样读者才能追踪每个细胞级结论由哪张图、哪套边界和哪次分析产生。

参考信息：10x Genomics《Space Ranger Segmented Outputs》《Space Ranger Web Summary》《Compatible Segmentation Input Files》。