空间转录组低质量区域被剔除，论文怎样报告覆盖范围？

一张空间转录组切片有皱褶，另一区域信号太低，分析时被排除。论文只展示留下的彩色表达图，读者可能把白色区域理解为该基因没有表达，却不知道那里根本没有可靠测量。投稿前要把“没有组织”“有组织但未通过质量控制”和“合格区域中未检出表达”分开标注，并报告每一步后还剩多少可分析区域。

先核对组织范围是怎样得到的。10x Genomics的Space Ranger图像处理说明指出，流程要识别组织覆盖位置，并把图像中的定位标记与捕获点对齐；组织识别决定哪些条码或空间单元进入分析。官方还提醒，自动流程未必能提示所有识别失败，研究者应查看Web Summary的质控图，必要时手动校正。也就是说，软件默认的“组织内”标记需要与原始染色或形态图对照，不能直接当作病理组织边界。

在原始切片图上叠加捕获格点，检查组织边缘、空洞、折叠区和玻片污点。Space Ranger的空间输出包含组织识别图，能显示哪些点或方格被判为组织内、哪些在组织外；这张图应与最终分析使用的掩膜保持一致。若人工修正了组织轮廓，应保存修正前后版本、判断依据与导出文件。这样读者才能区分软件识别错误与后来主动排除的低质区域。

组织范围核对完，再记录质量筛选规则。比如，作者可能按每个点位的总计数、检测基因数或图像质量剔除区域；阈值应随平台和分析目的解释，不能复制另一篇论文的数字。记录每张切片筛除前后的点位数、覆盖面积或占比，并指出阈值是在看结果之前预设，还是经过质控观察后确定。若剔除集中在某种组织结构，保留区域的细胞组成就可能被改变，后续空间比例比较应说明这一限制。

图像呈现最好使用三种不同视觉状态：组织外背景、组织内但被排除的区域、通过质控的区域。表达强度色标只应用在第三类合格区域；低表达的合格点仍应有明确的色标最低值。图注写清每种状态的含义，必要时附一张覆盖掩膜图。若合并多张切片，逐张列出保留比例，并避免用一张看起来均匀的合成图遮盖个别切片的大面积缺损。

例如，比较病灶中心与边缘的免疫细胞比例时，边缘恰好有一大片被剔除。若作者只按剩余点位计算两区比例，而不报告边缘损失，就可能把采样缺口误解释为生物差异。应先画出分析区域与病理分区的交集，计算各区可用面积或点位数，再决定能否进行比例比较。若某区覆盖不足，就把该区标为无法可靠估计，而不是填入零或从图中悄悄删去。

最后从图中抽取一个白色位置，回到组织图、捕获坐标、质量指标和最终掩膜，确认它属于哪一种缺失。检查摘要、方法段、图注和数据表中的“纳入点位数”是否采用相同阶段的计数。图和补充表都保留剔除位置、保留范围，读者才能判断所见空间模式是否受质控边界影响。