空间转录组染色图和表达矩阵，坐标映射如何交代？

空间转录组论文常把基因表达的彩色点叠到组织染色图上。图上看着贴合，仍可能把不同切片的矩阵、图像或坐标配在一起。投稿前要核对的是一条可追溯的映射：哪张显微图对应哪块捕获区域，软件怎样把条码位置对准组织图像，成稿图片是否仍使用那次配准的坐标。

先把采集区域和图像配成一对

传统Visium载玻片上可以有多个捕获区域。10x Genomics的成像指南建议逐个区域成像，并用载玻片序列号和区域标识命名文件。若把A1区域的图像误配给B1区域的表达矩阵，即使组织形状相似，点位落在何处的解释也会失效。研究记录至少应能从样本或组织块编号追到实际测定的切片、载玻片编号、捕获区域、原始图像和分析输出目录；图注不必塞满内部编号，但方法和数据记录要能找回来。

Space Ranger使用载玻片的定位标记，计算捕获点位与组织图像之间的坐标变换。输出的空间目录中有配准和组织检测质控图，也有点位坐标及缩放信息；不同版本和检测类型生成的文件略有差异。检查时不能只看最终发表的热图，应打开配准质控图，看看组织边缘和标记是否对齐，再抽几个边界点位确认没有明显偏移。

注意“图片缩小了，坐标却没变”的错误

为排版导出图片时，作者可能裁切、旋转或缩小原始图像。若直接把原坐标覆盖到新图片上，而没有使用对应的变换与缩放系数，点位会整体偏移。Space Ranger的scalefactors_json.json记录原始图像与输出图像之间的相对缩放；点位位置文件则记录条码对应的空间坐标。缺了任何一个，叠加位置都可能无法复核。图像经历了哪一次裁切和缩放，就应使用与之对应的坐标，并保留原始配准结果以供复核。

假设同一组织块做了两张相邻切片，第一张用于染色展示，第二张用于空间表达测定。两张切片形状接近，却不是同一物理截面。若论文把第一张染色图当作第二张的原始配准图，就可能把表达信号标到并不存在的组织结构上。可以把相邻切片作为辅助对照，但图注要说明它们的关系；空间点位的定位仍应以实际参与分析的图像和配准步骤为依据。

手动配准要留下能复查的依据

定位标记被组织遮住，或荧光图像不易自动识别时，官方工具允许手动配准。10x Genomics说明，手动配准使用的图像必须与后续分析传给Space Ranger的图像匹配，导出的配准文件用于覆盖自动定位结果。稿件可说明何时改用手动方式、由谁检查、依据哪些组织边界或标记；正文无需记录每次鼠标操作，但导出的配准文件和质控图应留存。最后用同一组点位对照矩阵行、空间位置与发表图，确认叠加图显示的是实际采集位置。

参考信息：10x Genomics《Space Ranger Spatial Outputs》《Manual Fiducial Alignment for Visium》《Visium Spatial Gene Expression Imaging Guidelines》。