空间转录组原始图像与处理矩阵，仓储文件怎样对应？

空间转录组论文给出一个表达矩阵和一张染色图，却没有说明两者属于哪张切片。后来使用者即使下载全部文件，也可能无法把某个条码放回图像上的原位置。入库前先把原始测序、处理矩阵、空间坐标和组织图像按切片连起来。每张切片应有稳定标识，让读者从论文图号一路追到仓储记录。

文件清单以样本为行，不把FASTQ、矩阵和图像各堆成一组。每行写患者或供体的匿名编号、组织块、切片、捕获区域、文库、测序批次、原始读段文件名、处理软件和版本、矩阵及空间文件名。若同一切片重新测序或同一文库分多次运行，也要写明哪些原始文件汇入同一个处理结果。人类样本公开前应按仓储和伦理要求处理身份信息，不能把病历号或可识别信息直接写进文件名。

以10x Genomics的Space Ranger为例，输出可含未过滤和过滤后的特征—条码矩阵，以及存放图像、组织识别、坐标和缩放因子的空间目录。矩阵回答“哪个条码有哪些计数”，空间文件回答“条码落在图上的哪里”；单独上传一个矩阵并不能重现组织覆盖和图像叠加。若论文使用的是手工修正后的组织掩膜，还要保存该版本及修正记录，而不是只给软件最初的自动输出。不同软件版本的目录结构可能变化，文件清单应以本研究实际输出为准。

再核对仓储对原始和处理数据的要求。NCBI GEO高通量测序提交说明要求元数据、原始读段和支持研究结论的定量处理数据；若原始数据已在SRA，元数据可通过相应登录号关联。作者应让元数据表中的样本名、原始文件名和处理文件名一一对应，不要把多位供体的文件混放而不标归属。图像、坐标、缩放因子属于空间分析复现所需的辅助文件，具体上传方式和格式应按所选仓储当前指南核对，不可假定仓储会自动从矩阵恢复它们。

最容易漏的是版本与筛选路径。原始计数矩阵、组织内过滤矩阵和论文分析后的归一化对象并非同一层数据。若结果图使用了后者，方法段要写出从原始文件到分析对象的质控、归一化、批次处理和基因过滤步骤；按仓储要求保留支持主要结果的定量数据，并记录重跑所需参数。也要明确参考基因组或探针面板版本，使他人知道同名基因列是否可直接比较。只提交最终的彩色聚类图，不能代替可分析的计数和空间坐标。

可以做一次小规模复现检查：在新目录里只凭准备上传的文件，任选一个论文图中的切片，读取矩阵、组织图像和坐标表，确认条码数量、图像方向与论文一致。抽查一个剔除点位能否在过滤记录中找到原因；再核对仓储样本登录号是否指向正确患者匿名编号。若复现者需要猜文件名中的缩写或手动移动图像才能对齐，说明对应链仍未写完整。

交稿前把数据可用性段落、补充文件表和仓储页面逐项对照。段落写明原始与处理数据分别在哪里、切片标识如何对应论文图、哪些文件涉及访问限制。数据正式开放日期还需与目标期刊要求核对。图像、坐标和矩阵能对回同一切片，后人才能重跑论文中的空间分析。