空间转录组多张切片来自同一患者，样本量怎样报告？

一项空间转录组研究有五名患者、每人两张切片，每张切片又提取数千个点位。论文图注若写“n＝数万个”，读者可能误以为有数万个独立患者样本。点位数足以描述一张组织图像的采样密度，却不能自动增加患者层面的独立重复。先问清比较的是患者之间，还是一张切片内的区域；答案决定图注里的n。

把数据画成层级最容易看清：患者或供体、组织块、切片、捕获区域、点位或细胞。10x Genomics在Visium说明中把同一代表区域的两张或多张切片称为技术重复；它们有助于检查流程稳定性，却不等于来自不同患者的生物重复。不同研究的组织采集方式也会改变层级，例如同一患者的病灶和邻近组织是配对样本，而不同患者之间的变异才为人群层面的比较提供信息。方法表分别列患者、组织、切片和点位数，别让一个n代替全部。

统计单位要跟问题一致。若要比较疾病组与对照组的平均表达差异，独立的患者或供体通常是主要推断单位；同一患者的多个切片和点位相关，不能全部当作独立观测塞进普通两组检验。若研究问题是“这张切片里某细胞邻域如何分布”，点位或细胞可作为空间结构的观测单位，但结论应限定在所分析切片或采用能处理患者层级的模型后再外推。一项单细胞原始方法研究已展示，把同一实验单位的细胞当作独立重复会造成伪重复和误报风险，这一原则同样提醒空间数据作者谨慎对待嵌套结构。

方法段可以按三个数写：纳入多少位患者、每位患者多少组织或切片、每张切片留下多少合格点位。每一步说明排除原因及最终用于哪项分析。图上若每个点代表一名患者的汇总值，图注就写患者n；若每个点是一个空间点位，也要同时给出这些点位来自多少患者和多少切片。把两类图放在同一页时，避免统一写“n＝样本数”，应明确“点表示患者”或“点表示点位”。

例如，五名患者各取两张连续切片，一张用于分析，一张作技术重复核查。若总共得到十张图，患者层面的n仍是五，不是十；点位数更不能作人群比较的n。作者可以先在患者内部汇总切片指标，再比较患者间分布；也可以用预先说明的分层模型处理患者和切片相关性。选哪一种取决于研究目标与设计，但不能在结果出来后为获得更小的P值才改换统计单位。

当一个患者贡献的切片比其他人多时，直接合并所有点位还会让该患者对结果权重过大。审读时检查每位患者的点位数、组织区域面积和质控后保留比例，确认组间差别不是采样量差别的影子。配对设计也要在方法段写清：同一患者前后或病灶与邻近组织的比较，应保留配对标识，而不能拆成两个互不相关的独立组。

交稿前逐图回答三个问题：图上的一个点是什么，点来自多少个独立供体，误差条或显著性检验基于哪一级变异。再核对摘要、方法、图注和补充表里的n是否指同一层级。这些数各归其位，读者才能分辨结果描述的是组织内部结构，还是患者间差异。