空间转录组探针面板版本，投稿材料怎样留痕？

空间转录组稿件若写“采用Xenium平台检测三百个基因”，读者仍不知道哪些基因在面板里，也不知道实验使用的是预设计面板、加选定制面板还是独立定制面板。平台名不能代替面板信息：研究能否检测某个转录本、不同批次结果能否直接比较，都要回到实际使用的目标列表和设计版本。

从仪器运行记录找“实际使用的面板”

先核对实验时选择的面板文件，而不是投稿时从官网重新下载一份最新列表。10x Genomics的Xenium输出中，gene_panel.json是仪器运行所用预设计或定制面板的副本，包含化学版本、面板名称与标识、目标基因及部分探针覆盖信息。若是定制面板，设计ID还应与试剂管标签和仪器选择的文件相符。把面板标识连同运行名称、切片编号记下，补充材料才不容易误贴另一轮实验的目标列表。

稿件方法段至少说清面板类型、名称或设计标识、化学版本，以及是否加入定制基因。补充表可列实际目标与必要的基因标识；如果研究结论依赖某个基因是否可检测，读者还要知道该基因是否在面板中，以及后续分析是否把它过滤掉。不要只写“平台检测失败”来解释一个从未包含在面板里的基因，也不能把未检出直接说成“该组织不表达”。

多批次面板不同，先比较交集

自拟情境中，第一批切片使用预设计面板，第二批在同一基础面板上加了若干自定义目标。若把两批的所有基因画在同一张热图里，却没有说明第二批多出的目标，读者可能把“第一批无信号”误认为生物学差异。正确的比较要先标出两批共有目标，独有目标单独展示；若目标名称相同但探针设计或化学版本不同，也应说明可比性依据，不能只因基因符号相同就把两批数值当成同口径直接合并。

面板范围也限定结论能说到哪里。例如研究声称“通路所有关键基因均未变化”，但面板只覆盖其中一部分，就应把结论收窄到实际检测的目标。研究对象、切片质量和统计方法当然也重要，但面板覆盖范围是更靠前的前提：未列入面板的目标，不应被算作“未检出”或“无变化”。

交付前核对四处信息

用实验输出里的gene_panel.json逐项对照方法段、补充表、分析脚本读入的目标列表和数据仓储包。若自定义面板后来修改过，保留实际运行版本，不用新文件覆盖旧记录。官网的预设计面板资料也有更新记录，可用来理解目标信息，却不能替代本次仪器输出。最终让读者能从稿件追到“哪张切片使用哪份面板、每份面板测什么”，面板版本才真正服务于结果复核。

参考信息：10x Genomics《Understanding Xenium Outputs》《Xenium Analyzer User Guide》《Pre-designed Xenium v1 Gene Expression Panels》。